Ons immuunsysteem dient om ons te beschermen tegen schadelijke invloeden van buiten het lichaam. Het is een zeer performant systeem van cellen en organen dat meestal heel efficiënt ziekteverwekkers zoals bacteriën, virussen en parasieten bestrijd en het lichaam gezond houdt. Indien het immuunsysteem in contact komt met een ziekteverwekker treedt er immuniteit op: het immuunsysteem slaat informatie over de ziekteverwekker op zodat deze bij een volgend contact met de ziekteverwekker terug kan gebruikt worden.

Een allergie is een overdreven immuunreactie van het lichaam op stoffen die op zich niet schadelijk zijn. Het gevolg is dat de lichaamsafweer (te) sterk reageert op de aanwezigheid van deze stoffen wat een ontstekingsreactie veroorzaakt. Het is de ontstekingsreactie die de ziektetekens van een allergie opwekken. De stof waartegen het immuunsysteem reageert noemt men een allergeen.

Men onderscheidt verschillende vormen van allergieën: Type I, Type II, Type III en Type IV. Hooikoorts is een Type I of IgE afhankelijke allergische reactie.

IgE of Immunoglobuline E is een antilichaam dat mastcellen (een soort witte bloedcel) ertoe aanzet om zijn ontstekingsbevorderende stoffen, zoals ondermeer histamine, uit te scheiden.

Mensen met een allergie zijn vaak gevoeliger voor het krijgen van nog andere allergieën. Zo komt hooikoorts vaak samen voor met andere allergische aandoeningen als astma en huideczeem.